Les principes suivants sont à la base de la pratique de la médecine naturopathique : 

Le pouvoir de guérison de la nature (Vis Medicatrix Naturae) 
Le pouvoir de guérison de la nature est le processus inhérent d'auto-organisation et de guérison des systèmes vivants qui établit, maintient et restaure la santé. La médecine naturopathique reconnaît que ce processus de guérison est ordonné et intelligent. C'est le rôle du naturopathe de soutenir, de faciliter et d'augmenter ce processus en identifiant et en éliminant les obstacles à la santé et au rétablissement, et en soutenant la création d'un environnement interne et externe sain. 

Identifier et traiter les causes (Tolle Causam) 
La maladie ne survient pas sans cause. Les causes peuvent provenir de nombreux domaines. Les causes sous-jacentes de la maladie doivent être identifiées et éliminées avant qu'un rétablissement complet puisse se produire. Les symptômes peuvent être des expressions de la tentative du corps de se défendre, de s'adapter et de récupérer, de se guérir, ou peut-être les résultats des causes de la maladie. Le naturopathe cherche à traiter les causes de la maladie, plutôt que de simplement éliminer ou supprimer les symptômes. 

First Do No Harm (Primum Non Nocere) 
Les naturopathes suivent trois préceptes pour éviter de nuire au patient : 

• Les naturopathes utilisent des méthodes et des substances médicinales qui minimisent le risque d'effets nocifs et appliquent le moins de force ou d'intervention possible nécessaire pour diagnostiquer la maladie et rétablir la santé. 

• Dans la mesure du possible, la suppression des symptômes est évitée car la suppression interfère généralement avec le processus de guérison.

•   Les naturopathes respectent et travaillent avec la vis medicatrix naturae dans le diagnostic, le traitement et le conseil, car si ce processus d'auto-guérison n'est pas respecté, le patient peut être blessé.

Docteur en tant qu'enseignant (Docere) 
Le sens originel du mot « docteur » est l'enseignant. Un objectif principal de la médecine naturopathique est d'éduquer le patient et de mettre l'accent sur l'auto-responsabilité pour la santé. Les naturopathes reconnaissent et exploitent également le potentiel thérapeutique de la relation médecin-patient. 

Traiter toute la personne 
La santé et la maladie résultent d'un ensemble de facteurs physiques, mentaux, émotionnels, génétiques, environnementaux, sociaux et autres. Puisque la santé totale comprend également la santé spirituelle, les médecins naturopathes encouragent les individus à poursuivre leur développement spirituel personnel. La médecine naturopathique reconnaît le fonctionnement harmonieux de tous les aspects de l'individu comme étant essentiel à la santé. La nature multifactorielle de la santé et de la maladie nécessite une approche personnalisée et globale du diagnostic et du traitement. Les naturopathes traitent la personne dans sa globalité en tenant compte de tous ces facteurs. 

La prévention 
Les collèges de médecine naturopathique mettent l'accent sur l'étude de la santé ainsi que de la maladie. La prévention des maladies et l'atteinte d'une santé optimale chez les patients sont les principaux objectifs de la médecine naturopathique. Dans la pratique, ces objectifs sont atteints grâce à l'éducation et à la promotion de modes de vie sains. 

Les naturopathes évaluent les facteurs de risque, l'hérédité et la susceptibilité à la maladie, et effectuent les interventions appropriées en partenariat avec leurs patients pour prévenir la maladie. La médecine naturopathique affirme que l'on ne peut pas être en bonne santé dans un environnement malsain et s'engage à créer un monde dans lequel l'humanité peut prospérer. 

Méthodes naturopathiques : 
La naturopathie se définit avant tout par ses principes fondamentaux. Les méthodes et modalités sont sélectionnées et appliquées sur la base de ces principes en relation avec les besoins individuels de chaque patient. Les méthodes diagnostiques et thérapeutiques sont sélectionnées à partir de sources et de systèmes variés et continueront d'évoluer avec les progrès des connaissances. 

Pratique naturopathique : 
La pratique de la naturopathie comprend les modalités de diagnostic et de traitement suivantes : utilisation de toutes les méthodes de tests diagnostiques cliniques et de laboratoire, y compris la radiologie diagnostique et d'autres techniques d'imagerie ; médecine nutritionnelle, diététique et jeûne thérapeutique; médicaments d'origine minérale, animale et botanique; mesures d'hygiène et de santé publique; médecine physique naturopathique, y compris thérapies manipulatrices naturopathiques; l'utilisation d'eau, de chaleur, de froid, de lumière, d'électricité, d'air, de terre, d'appareils électromagnétiques et mécaniques, d'ultrasons et d'exercices thérapeutiques ; homéopathie; psychothérapie et conseil; acupuncture, injection et thérapie intraveineuse; chirurgie mineure; médicaments sur ordonnance; et obstétrique naturopathique (accouchement naturel).